Khu công nghệ cao Hòa Lạc là dự án trọng điểm của quốc gia, chính vì vậy nhà đầu tư vào Khu được hưởng những ưu đãi đặc biệt so với các khu khác trong cùng địa bàn. Các chính sách ưu đãi về đầu tư như sau:

• Thuế thu nhập doanh nghiệp: doanh nghiệp có thể được hưởng mức thuế suất cao nhất như sau

• Thuế nhập khẩu:

Miễn thuế cho hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định

Miễn thuế trong thời hạn 5 năm kể từ ngày sản xuất đối với nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm trong nước chưa sản xuất được nhập khẩu để phục vụ sản xuất

Miễn thuế đối với hàng hoá nhập khẩu để sử dụng trực tiếp vào hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ

Miễn thuế đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất phần mềm mà trong nước chưa sản xuất được.

• Thuế Giá trị gia tăng:

Miễn cho thiết bị, máy móc và các phương tiện giao thông chuyên dụng không sản xuất trong nội địa và là một phần của tài sản cố định.

• Thủ tục hành chính một cửa, hải quan điện tử tại chỗ, văn phòng sở hữu trí tuệ, tư vấn luật, ngân hàng, kho ngoại quan,...